水果玉米是傳統育種技術的產物，和轉基因技術沒關系。當然，經過轉基因技術改造，以增強抗蟲抗除草劑特性的甜玉米確實有，但是并沒有被批準在中國種植。目前我們在國內買到的水果玉米不大可能是轉基因甜玉米。

這樣“與眾不同”的水果玉米是怎么得到的呢？水果玉米并不是最近才有的新作物，它的真正起源時間雖然無法考究，但有文獻記載的最早的甜玉米品種是1779年歐洲殖民者從美洲的易洛魁人那里收集到的Papoon玉米，據此可以肯定甜玉米的出現時間可能還要更早。在那個時候，還沒有轉基因這一說法，更不要說是轉基因的技術了。

現在的甜玉米品種雖然和幾百年前的不完全相同，但它在自然突變的水果玉米品種的基礎之上，通過傳統雜交的辦法培育出的新的甜玉米品種，并不是轉基因的產物。最近幾年，與甜玉米有關的幾個基因序列和與其關聯的分子標記都已經被找到，育種家還可以依靠分子標記輔助選擇技術來加快育種進程。這些育種技術并沒有涉及到轉基因的技術，通過這些方法培育出來的甜玉米都不是轉基因玉米。很多人因為甜玉米的甜味不同于普通玉米，就認為甜玉米是轉基因技術培育的，這種想法是錯誤的，玉米自己的基因突變也會產生不一樣的性狀。