非轉基因大豆油和轉基因大豆油最明顯的區(qū)別在于原料不同。轉基因大豆油是利用分子生物學技術，將某些生物的基因轉移到大豆中去，改造生物的遺傳物質(zhì)，使大豆在性狀、營養(yǎng)品質(zhì)和消費品質(zhì)方面向人類所需要的目標轉變，以轉基因大豆提煉而來的食用油就是轉基因大豆油。而非轉基因大豆油是指用純天然大豆加工而成的一種大豆油，它的產(chǎn)地一般是我國東北地區(qū)。

非轉基因和轉基因大豆油另一個區(qū)別是安全性。轉基因大豆油基因在轉入過程中，由于不可預見的基因突變，可能會轉化為會對人體產(chǎn)生危害的有毒蛋白質(zhì)等諸多因素，雖然這個說法目前還沒有定論，不過人們?yōu)榱俗陨淼陌踩话銜x用非轉基因大豆油。非轉基因大豆油就是人們千百年來一直食用的大豆油，經(jīng)歷史驗證是安全的，可以放心食用。

非轉基因和轉基因大豆油最直觀的區(qū)別是價格不同。一般來說，一桶5升裝的非轉基因大豆油，相比轉基因大豆油的價格大約貴10元左右。