吃金針菇的時候注意，金針菇是不能生吃的，而且金針菇比較難消化，消化能力不好的人最好少吃。而且烤金針菇始終有點上火，經常便秘的人應該要少吃。

現在有些媒體說新鮮金針菇有毒，可能是把金針菜錯當成金針菇了，而金針菜其實是黃花菜，新鮮的金針菜的確是含有有毒的秋水仙堿，一定要曬干后才能食用。金針菇與金針菜是兩種食物，前者來自菌類，后者來自植物。

但是，其實金針菇也不是人人皆宜。一般人群均可食用，適合氣血不足、營養不良的老人、兒童、癌癥患者、肝臟病及胃、腸道潰瘍、心腦血管疾病患者食用。

但是傳統醫學認為，金針菇性寒，脾胃虛寒、慢性腹瀉的人應少吃；關節炎、紅斑狼瘡患者也要慎食，以免加重病情。