南瓜子含豐富的脂肪油(為亞麻仁油酸、油酸等的甘油酯)、蛋白質、胡蘿卜素、維生素B1、B2、C，南瓜子氨酸、鋅、鐵等成分。經常吃南瓜子不但可預防腎結石的發生，還可促進患者排出結石。更重要的是，南瓜子中的活性成分和豐富的鋅元素，對前列腺有保健作用。研究發現：每天吃上50克(大概一把)左右的南瓜子，生熟均可，可較有效地防治前列腺疾病。

這是由于前列腺分泌激素功能靠脂肪酸，而南瓜子就富含脂肪酸，可使前列腺保持良好功能。并使前列腺炎，前列腺肥大等疾病的第二期癥狀恢復到初期，明顯改善第三期病情。因南瓜子之中的活性成分可消除前列腺初期的腫脹，同時還有預防前列腺癌的作用。

營養學家還認為，南瓜子中所南瓜子還可用于治療脾虛營養不良，消瘦乏力;脾虛水腫;產后缺乳;百日咳，咳嗽咽干;南瓜子有很好的殺滅人體內寄生蟲(如蟯蟲、鉤蟲等)的作用。 對血吸蟲也具有很好的殺滅作用，是血吸蟲病的首選食療之品。南瓜子含有豐富的泛酸，這種物質可以緩解靜止性心絞痛，并有降壓的作用。經常吃南瓜子不但可預防腎結石的發生，還可促進已有結石的排出。