芡實有著許多獨特的療效，但是它畢竟是一種藥材，是藥三分毒。芡實的副作用主要體現在它固澀收斂的作用。古書《隨息居飲食譜》記載了芡實的食用宜忌:“凡外感前后,瘧痢疳痔,氣郁痞脹,溺赤便秘,食不運化及新產后皆忌之。”所以，大便硬化者、便秘者、平時有腹脹癥狀、消化不良者、產婦新產過后都不宜食用芡實。

雖然芡實含有如碳水化合物、脂肪、蛋白質、粗纖維、鈣、磷、鐵等營養成分，常吃對身體有益，但一般人也不適宜將它當主糧食用。此外，市面上的芡實主要有生用和炒用兩種，兩者的作用也不一樣，生芡實以補腎為主，而炒芡實主要作用是健脾開胃。炒芡實一般來說不適合在家自己炒制，因為在炒制的過程中要加入麥麩并掌握一定的火候，所以一般從藥店購買。

媽網百科提醒，無論是生食還是熟食，芡實一次切忌食用過多，否則難以消化。