窩溝封閉能夠防止牙齒受到細菌或者代謝產物寢室而出現齲齒，可以說是最有效的防止齲齒方法。但是窩溝封閉后也有可能會齲齒的發病率更高。因為窩溝封閉最重要的環節是粘結，粘結效果的好壞取決于醫生在操作過程中隔濕的好壞。如果隔濕效果做不好，粘結力差的話窩溝封閉劑就容易脫落。窩溝封閉劑一旦脫落，齲齒的發病率比不做窩溝封閉的兒童還要高。

另外，窩溝封閉還有可能導致顳下頜關節病的發病率增高。窩溝封閉后，醫生需要對封閉劑進行調磨，去除咬合高點。青少年顳下頜關節病人做過窩溝封閉，但是由于窩溝封閉劑明顯高出于咬合面，形成咬合支點，時間長了以后，兒童可復性關節盤前移位癥狀出現了，開閉口過程中出現了彈響，甚至頭痛，孩子會很痛苦。