當新生兒患有支原體肺炎時，會表現為發熱、厭食、咳嗽、哭鬧不止等癥狀。體溫久高不下，或僅僅是低熱；咳嗽時情況比較嚴重，初期干咳，之后會有痰液，部分還會帶有血絲。

患兒還會出現喘鳴及呼吸困難的癥狀，在用聽診器聽診時會聽見有濁音。鐮狀細胞性貧血患兒并發此種肺炎時，癥狀往往加重，可見呼吸困難、胸痛及胸腔積液。

支原體肺炎可伴發多系統、多器官損害。呼吸道外病變可涉及皮膚粘膜，表現為麻疹樣或猩紅熱樣皮疹等；偶見非特異性肌痛及游走性關節痛；胃腸道系統可見吐、瀉和肝功損害；血液系統方面較常見溶血性貧血；多發性神經根炎、腦膜腦炎及小腦損傷等；心血管系統病變偶有心肌炎及心包炎。輕重視病情而定。