精子畸形率高的治療是需要根據(jù)發(fā)生的原因來(lái)看的。如果消除可不利因素（藥物、放射線(xiàn)、高溫、酒等），就應(yīng)該針對(duì)病因進(jìn)行治療。由生殖道感染引起的患者，要進(jìn)行抗炎治療；如果是內(nèi)分泌異常所致的患者，就要作出內(nèi)分泌功能調(diào)整；對(duì)精索靜脈曲張的患者，應(yīng)考慮手術(shù)治療，并且越早越好。

當(dāng)精子畸形率超過(guò)70%的時(shí)候，就應(yīng)進(jìn)行染色體檢查，如有染色體病，治療會(huì)相對(duì)困難。另外還有一種方法可以解決因?yàn)榫踊温矢咭鸬牟辉胁挥蔷褪欠蚱揲g人工授精，用裴爾科密度梯度離心法，可分離出活動(dòng)力Ⅲ、Ⅳ級(jí)，形態(tài)正常的精子達(dá)90%，后行人工授精。

在中醫(yī)看來(lái)，精子畸形的發(fā)生常常和腎有關(guān)系，因此，確診后患者可以在醫(yī)生咨詢(xún)下服用相關(guān)補(bǔ)腎促精藥物輔助治療。