1、沖調含有益生菌的奶粉或制劑，要注意使用溫開水，溫度約在35～40℃之間，沖泡好的益生菌制劑要及時服用，以免益生菌死亡失效。

2、益生菌不能與抗生素同服。抗菌素尤其是廣譜抗菌素不能識別有害菌和有益菌，所以它殺死敵人的時候往往把有益菌也殺死了。這時候或者過后補點益生菌，都會對維持腸道菌群的平衡起到很好的作用。如果必須服用抗生素，服用益生菌與抗生素間隔的時間不應短于2～3小時。

3、喝益生菌后，若發生腹部不舒服或腹痛、惡心、嘔吐，應立即停止飲用。

4、益生菌的食物有纖維、乳糖、淀粉、寡糖，益生菌的發酵產物等成分；所以在補充益生菌的同時，應多吃根莖類蔬菜、水果及海藻等食品，就等于在腸子里布置一個它們喜歡生長的環境。多數的益生菌并不喜歡肉類和葡萄糖，如果含益生菌的食品中含有過多的糖分也會降低菌種的活性。

5、如果沒有消化不良、腹脹、腹瀉或存在其他破壞腸內菌群平衡的因素，不提倡額外攝入過多的益生菌制劑。