乙肝大三陽的治療要包括抗病毒、增免疫、保肝護肝、抗纖維化，把它們一起進行綜合治療。而目前還是采用抗病毒治療，常用的藥物有干擾素、核苷類藥物，免疫調節劑等。干擾素因為其有較為肯定的抗病毒療效，而且可以抗肝纖維化和降低肝癌的發生率，所以是目前抗病毒治療的主打藥品。

目前抗病毒的藥物多數都有調節免疫功能的作用，但中藥在條件免疫功能方面的作用比較顯著。肝病專家指出，過多服用保肝護肝藥物亦可傷肝。而且保肝、護肝治療只是在控制肝功的異常，而對HBV病毒本身并沒有殺滅或者抑制作用，所以只是治標不治本，當然也就不存在用保肝護肝類藥物轉陰的可能。抗纖維化治療在乙肝大三陽治療中的作用是不容忽視的，肝纖維化是乙肝向肝硬化、肝癌發展的橋梁，如果不能阻止肝纖維化的進程，乙肝大三陽依然會發展為肝硬化、肝癌，那么乙肝大三陽的治療就沒有起到應有的作用。