任何一種病都有其癥狀，肺炎支原體感染的潛伏期一般為2~3周，剛開始的時候會有全身不適，乏力、頭痛等現象。2～3天后出現發熱，體溫常達39℃左右，可持續1～3周，可伴有咽痛和肌肉酸痛。

咳嗽是肺炎支原體感染一大突出的癥狀，一般于病后2～3天開始，剛開始是干咳，后來轉為頑固性劇烈咳嗽、常有黏稠痰液嚴重的還會偶爾咳出血絲，少數病例可類似百日咳樣陣咳。可持續1～4周。肺部體征多不明顯，甚至全無。少數可聽到干、濕啰音樂。但多塊消失，所以體征與劇咳及發熱等臨床表現不一致，也是肺炎支原體感染的特點之一。嬰幼兒起病急，病程長，病情較重，表現為呼吸困難、喘憋、喘鳴音較為突出，肺部啰音比年長兒多。部分患者兒童可患有溶血性貧血，腦膜炎、心肌炎、呻吟、格林-把利綜合征等肺外表現。